Cercando in rete (come faremmo senza!) ho trovato un simpatico workaround che potrebbe tornare utile: usando un vbscript come innesco del file batch che ci interessa lanciare nascosto, si ottiene il risultato richiesto.
L'ho provato con XP e funziona perfettamente
Altra soluzione è quella di ricorrere a bat to exe con l'opzione Invisible applications
Per indicazioni su come utilizzare l'applicazione si può consultare questo articolo.